Junte dois dataframes por 2 chaves em r

r direta por duas colunas

x <- data.frame(k1=c(NA,NA,3,4,5), k2=c(1,NA,NA,4,5), data=1:5)
y <- data.frame(k1=c(NA,2,NA,4,5), k2=c(NA,NA,3,4,5), data=1:5)
merge(x, y, by=c("k1","k2"))