Mais próximo da latitude e da longitude pontos em python

geopy é seu amigo. Ele tem funções que calculam a distância entre pares de coordenadas. Aqui está uma abordagem:

from geopy import distance

s = {
    977: (23.141747, 53.796469),
    946: (23.398398, 55.422916),
    # etc etc
}

d = {
    962: (23.657571, 53.703683),
    745: (23.671971, 52.955976),
    743: (23.766849, 53.770344),
    # etc etc
}

for (ss, a) in s.items():
    best = None
    dist = None
    for (dd, b) in d.items():
        km = distance.distance(a, b).km
        if dist is None or km < dist:
            best = dd
            dist = km

    print(f'{ss} is nearest {best}: {dist} km')

Se eu executá-lo com seus dados de exemplo eu recebo:

977 is nearest 962: 57.909274476145846 km
946 is nearest 760: 66.3613771288571 km
742 is nearest 962: 4.857141728990575 km
980 is nearest 760: 38.94400553289674 km
660 is nearest 743: 65.56437761273963 km

Se você precisa de distâncias de cada uma das lista de 1 a cada lista 2, você pode tentar

sorted([[ss, dd, distance.distance(a, b).km] for (ss, a) in s.items()
        for (dd, b) in d.items()])

Isso dá uma lista de listas, ordenadas pela lista de 1 item de primeira:

[[660, 387, 273.98088337893], 
 [660, 664, 272.6633222300461], 
 [660, 675, 109.98235440892797], 
 [660, 743, 65.56437761273963],

 # etc

Mais de ordenação ou agrupamento deixado como um exercício para o leitor.

Isto é muito semelhante à questão anterior
Chegando distância entre dois pontos com base na latitude/longitude
assim, poderia ser alegado como duplicados.
De qualquer maneira, a seguir Kurt Peek da resposta, você poderia fazer:

import geopy.distance

def get_distnace(coords_1, coords_2):
    return geopy.distance.vincenty(coords_1, coords_2).km

para obter uma função que retorna a distância em 'km'. Em seguida, dado um par de listas como a sua, na forma

list1 = [[stat_name_1, lat_1, lon_1], [stat_name_1, lat_1, lon_1], ... ]

list2 = [[...], ... ]

você provavelmente poderia fazer:

min_stat = get_distance(list1[0][1:], list2[0][1:])
for stat_1 in list1:
    coord_1 = stat_1[1:]
    for stat_2 in list2:
        coord_2 = stat_2[1:]
        min_stat = min(min_stat, get_distance(coord_1, coord_2)

Tomá-lo como um projecto, uma ideia, para ser depurado e testado antes de qualquer aplicação.